染色体原因
如果夫妻一方或双方存在染色体异常，那么异常的基因会直接通过遗传导致胚胎质量受损，导致胚胎的染色体异常继而发生自然流产情况。
染色体是遗传基因的载体，任何数目异常和结构改变，比如缺失、重复、倒位和易位等，都可引起遗传物质的不平衡，而导致染色体病的发生或者习惯性流产、胎停育等不良现象。
精子、卵子老化原因
精子、卵子的老化造成胚胎发育不良，是自然流产的常见原因也是导致流产的最重要因素。
孕育一个健康的新生命，不是说说那么简单的，健康胎儿的基础需要男性精子和女士卵子的优质健康；计划生育的夫妻如果没有抓住排卵日，精子与卵子相遇时间过长，那么精卵就失去了受精能力，便很难形成胚胎；并且如果精子和卵子都存在老化衰退现象，那么这时候由于精卵的质量受损，便会导致基因的异常，出现分裂时的易位、重复、缺失、不分离等遗传异常，胚胎的质量也不好，会在身体自然机制作用下被淘汰，于是自然流产便发生了。
女性内分泌失调的原因
卵子受精以后，受精卵必须得到内分泌激素的支持才能正常生长发育。如果女性的内分泌失调，那么也会导致流产的发生。妊娠8周前孕激素的不足，是导致早期流产的主要因素。并且对于孕前存在子宫内膜异位症、卵巢囊肿、高泌乳素血症、多囊卵巢综合症，都是引发不孕不育的因素。
女性孕育器官畸形的原因
子宫是胚胎和胎儿赖以生存的地方，如果子宫失去它的正常形态、正常机能以及容受性改变和子宫血运异常，都会造成自然流产。比如子宫畸形、子宫肌瘤、子宫纵膈、子宫颈内口松弛及宫腔粘连等。
子宫畸形、宫腔小，不能逐渐扩张适应胚胎发育，胚胎着床在子宫纵膈上血运差，或者子宫内膜发育不良，受精卵着床后供血不足，都会影响胎儿正常发育而导致着床障碍和早期自然流产。子宫过度后屈和子宫发育不良，同样属于畸形子宫的范畴，容易引起早期自然流产。
男性精子质量原因
女性怀孕了并不能就说明男性的精子没有问题，因为如果精子质量存在问题，比如精子畸形率高、活力低、凝集重等，都会出现早期流产等难孕育问题；自然流产的女生常会因在临界点，虽然也勉强能受孕，但受精卵的质量太差导致其发育不良，无法正常生长继而发生自然流产情况。
微生物感染的原因
备孕的女性都知道，不可带病妊娠，然而在孕前做病原微生物检查的却很少，母体感染，尤其是导致宫内感染的生物因素，也是造成自然流产的一个原因。
优生四项大家肯定很熟悉，它是最主要的既可以造成流产又可以导致畸形的病原微生物。主要是弓形体、巨细胞病毒、风疹病毒、单纯疱疹病毒等。这个优生四项，需要孕前准备的时候就进行检查，在孕前我们可以通过治疗以及第三代试管婴儿技术的干扰从而避免胚胎受到传染源的伤害。
除了这些原虫、病毒微生物，像细菌、沙眼衣原体、支原体、梅毒螺旋体、淋球菌等，也可以造成子宫内膜感染和宫内感染，引起自然流产。
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